Okres II wojny światowej i stalinizmu jest dla Mewy czasem życiowych wyzwań, strat i niełatwych kompromisów artystycznych. Jednak właśnie w tym ciemnym momencie dziejów objawia się w pełni jej dar budowania wspólnoty ludzi, którzy pielęgnując przyjaźń i pasję do sztuki, chronią własną przestrzeń wolności.
We wrześniu 1939 roku Maria Ewa Łunkiewicz wykonuje poruszającą serię szkiców temperą, dokumentujących zniszczenia miasta po niemieckich bombardowaniach. W 1942 roku wyjeżdża z Warszawy do Siennowa koło Jarosławia, majątku jej starszego brata Adama Chmielowskiego, dokąd przywozi „gruby rulon obrazów” zabranych z Warszawy. Te, które pozostały, spłonęły wraz z mieszkaniem przy Ossolińskich w czasie Powstania Warszawskiego.
Lata 1943 – 1945 Maria Ewa Łunkiewicz spędza w domu Moniki i Edwarda Piwowarskich pod Miechowem. Mieszka tu wraz z innymi artystami w chacie pod lasem, wynajmowanej przez Piwowarskich. Monika Piwowarska wspomina: „Mewa, choć najważniejsza i najstarsza z nas, była bardzo delikatna, nikomu nie rozkazywała, nie rządziła, nie mądrzyła się, nie izolowała od innych. Razem chodziliśmy w plener, żeby malować, razem wystawiliśmy szopkę i wędrowaliśmy z nią po wsiach, żeby przeżyć. Mewa była aniołem w tej szopce, i w ogóle w życiu„.
Po wojnie Maria Ewa Łunkiewicz wraca do Warszawy i zamieszkuje wraz z Henrykiem Stażewskim w domu przy ulicy Piusa XI (potem Piękna) 11a. W 1946 roku ponownie wychodzi za mąż za inżyniera Jana Rogoyskiego. Hanna Ptaszkowska tak wspomina Jana: „Gentelman ginącej rasy, w ciężkich czasach utrzymujący ich wszystkich ze swojej pensji inżyniera, hodujący rośliny, trochę na boku wielkiej pasji sztuki łączącej tamtych dwoje, a jednak uczestniczący we wszystkim z zaangażowaniem, dyskrecją i dystansem„. To prawda – na wszystkich niemal zdjęciach z przeróżnych wydarzeń artystycznych – wernisaży, plenerów, dyskusji, obok Marii Ewy widoczny jest zazwyczaj Jan Rogoyski.
Mewa i Stażewski w 1945 roku z życiowej konieczności podejmują pracę w Wojskowym Instytucie Geograficznym, gdzie zajmują się malowaniem map. Artystka wykonuje także rysunkową i opisową dokumentację zniszczeń Warszawy; rysunki i akwarele wystawia na pierwszej powojennej ekspozycji w Muzeum Narodowym Ruiny Warszawy. W 1947 roku Mewa i Stażewski współtworzą Klub Młodych Artystów i Naukowców, interdyscyplinarną grupę awangardową działającą pod patronatem Domu Wojska Polskiego, którego sekcję malarską prowadzą Zbigniew Dłubak i Marian Bogusz. Na przełomie 1947 i 1948 roku Klub organizuje Wystawę Młodej Plastyki, będącą konfrontacją osiągnięć ówczesnej awangardy, na której wystawia także Maria Ewa Łunkiewicz. Jeszcze w 1948 roku artystka zdobywa wyróżnienie w konkursie na godło państwowe.
W 1949 roku, podobnie jak wielu innych artystów związanych z awangardą, Maria Ewa Łunkiewicz-Rogoyska i Henryk Stażewski zostają zwolnieni z pracy. Przez najbliższe sześć lat, szukając źródeł utrzymania, podejmują okazyjne prace, jak powiększanie i retusz portretów ówczesnych dostojników w Centralnej Agencji Fotograficznej, czy też projektowanie i wykonanie malowideł ściennych w siedzibie Metalexportu przy ul. Mokotowskiej w połowie lat 50-tych. Maria Ewa Łunkiewicz-Rogoyska pozostaje jednak cały czas członkiem Związku Polskich Artystów Plastyków i od 1948 r. rokrocznie wystawia socrealistyczne obrazy na wystawach organizowanych przez Związek.
Od 1949 roku, gdy narzucona stylistyka socrealizmu uniemożliwiła jakiekolwiek jawne działania awangardy, mieszkanie Mewy, Jana i Henryka przy ulicy Pięknej pozostało jednym z niewielu miejsc w Warszawie, gdzie spotykali się twórcy, krytycy i intelektualiści związani ze sztuką nowoczesną. Bywali tu także przedwojenni jeszcze znajomi Mewy, jak Adam Mauersberger z siostrą Zofią Gawlikowską, profesor Jan Żabiński, dyrektor warszawskiego ZOO (sportretowany przez artystkę w 1950 r.), czy nieco później Miron Białoszewski, w którego Donosach rzeczywistości ocalały barwnie opisane wspomnienia z Pięknej.
